Roche uPath PD-L1 image analysis for NSCLC IVD Algorithm Instrukcja obsługi

Marka: Roche

Model: uPath PD-L1 image analysis for NSCLC IVD Algorithm

Typ: Instrukcja obsługi

Algorytm uPath PD-L1

(SP263) do analizy obrazów

niedrobnokomórkowego raka płuc —

podręcznik do algorytmu

Spis treści

Wstęp 1

Podsumowanie i objaśnienie działania algorytmu 2

Przeznaczenie 3

Przeznaczenie produktu 3

Przeznaczenie podręcznika do algorytmu 3

Znaczenie kliniczne 4

Zasady testu 5

Ograniczenia metody 6

Bezpieczeństwo danych 7

Przebieg pracy z wykorzystaniem algorytmu uPath PD-L1 do analizy

obrazów raka NSCLC 8

Przebieg pracy wykonywanej przez patomorfologa 9

Analiza obrazu pod kątem białka PD-L1 12

Ocena pod kątem białka PD-L1 15

Ocena wybarwienia za pomocą algorytmu PD-L1 15

Charakterystyka barwienia 15

Charakterystyka wyników 26

Porównanie metod 26

Badania odtwarzalności wyników uzyskiwanych przez patomorfologów 27

Badania odtwarzalności wyników uzyskiwanych przy użyciu skanera 28

Rozwiązywanie problemów 29

Piśmiennictwo 33

Wstęp

Oprogramowanie Roche uPath enterprise software

(oprogramowanie uPath enterprise software) wyposażone

w algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów

niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) (algorytm uPath PD-L1

(SP263) do analizy obrazów raka NSCLC) to oprogramowanie,

które zaprojektowano w celu wspomagania ilościowej oceny

ekspresji białka w histologicznych skrawkach barwionych metodą

immunohistochemiczną (IHC) uzyskanych z prawidłowych i

nowotworowych tkanek utrwalonych w formalinie i zatopionych

w paraﬁnie (FFPE).

Oprogramowanie uPath enterprise software jest całościowym

cyfrowym narzędziem programowym do zastosowania w

patologii, które umożliwia laboratoriom patologicznym pobieranie,

przeglądanie, analizowanie i przekazywanie cyfrowych obrazów

próbek patologicznych, zarządzanie nimi i tworzenie raportów

na ich podstawie. Za pomocą oprogramowania uPath enterprise

software patomorfolog może przeglądać obrazy cyfrowe w

różnych powiększeniach, dodawać adnotacje, dokonywać

pomiarów na skrawkach tkankowych, przeprowadzać analizę

obrazową i generować raporty.

Uwaga: algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC to uzupełniająca, wspomagana komputerowo metoda

przeznaczona do ułatwiania procesu rejestracji obrazów z

podstawowych szkiełek mikroskopowych, na których znajdują się

próbki tkanek barwione metodą IHC, oraz wykonywania pomiarów

na tych obrazach w celu określenia obecności białka PD-L1.

Patomorfolog jest odpowiedzialny za weryﬁkację zgodności

wyników przy użyciu odpowiednich kontroli zgodnie z opisem

w arkuszu metody dla przeciwciała VENTANA PD-L1 (SP263)

Rabbit Monoclonal Primary Antibody (dostępny pod adresem

www.ventana.com), aby zagwarantować ważność wyników analiz

obrazowych.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 1

2 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Podsumowanie i objaśnienie działania

algorytmu

W przypadku zastosowań do analizy obrazowej patomorfolog

może używać oprogramowania uPath enterprise software

do wybierania i obrysowywania jednego lub kilku obszarów

zainteresowania (ROI), przy czym każdy obszar ROI może być

wyświetlany w różnych powiększeniach, a następnie analizowany

przez algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC. Generowana jest łączna liczba docelowych komórek

nowotworowych (TC), a następnie komórki TC są przydzielane

do grupy komórek wybarwionych lub niewybarwionych.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

dzieli wybarwione komórki TC przez łączną liczbę komórek TC

(wybarwionych i niewybarwionych) w celu wygenerowania

wyniku określającego odsetek komórek TC dodatnich względem

białka PD-L1 w skali 0–100%. Algorytm uPath PD-L1 (SP263)

do analizy obrazów raka NSCLC może wygenerować wynik dla

określonego obszaru ROI lub sumaryczny wynik dla wszystkich

obszarów ROI zaznaczonych na danym preparacie. Chociaż

algorytm wykrywa komórki, które nie są zmienione nowotworowo,

w ramach ogólnej analizy, nakładka i dane wyjściowe

wskazują jedynie komórki TC użyte do obliczenia wyniku

określającego odsetek dodatnich komórek TC. Patomorfolog

może zaakceptować wynik podany przez algorytm uPath PD-L1

(SP263) do analizy obrazów raka NSCLC lub może zastąpić ten

wynik innym wynikiem. Patomorfolog musi dokonać dokładnego

przeglądu komórek TC określonych przez algorytm jako komórki

dodatnie lub ujemne i potwierdzić, że algorytm zadziałał

prawidłowo, lub ręcznie wprowadzić wynik. Algorytm uPath

PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC nie dokonuje

niezależnej interpretacji danych i z tego względu powinien być

używany wyłącznie przez wykwaliﬁkowanych patomorfologów, w

połączeniu z wynikami badania histologicznego, odpowiednimi

informacjami klinicznymi oraz odpowiednimi kontrolami. Algorytm

ten został zaprojektowany jako pomoc dla patomorfologów w

ocenie ekspresji białka PD-L1 na poziomie 50%.

Przeznaczenie

Przeznaczenie podręcznika do algorytmu

Dokument Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów

raka NSCLC — podręcznik do algorytmu (podręcznik do algorytmu)

opracowano w celu:

• udostępnienia ogólnych informacji dotyczących przeznaczenia

algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC, zasad oraz ograniczeń metody;

• zdeﬁniowania wymaganych materiałów, a także wymogów w

zakresie technologii informacyjnej, bezpieczeństwa danych

oraz sieci;

• przedstawienia kroków obsługi algorytmu uPath PD-L1 (SP263)

do analizy obrazów raka NSCLC;

• udostępnienia obrazów fotograﬁcznych ilustrujących sposób

korzystania z algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy

obrazów raka NSCLC;

• udostępnienia patomorfologom narzędzia ułatwiającego

korzystanie z algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy

obrazów raka NSCLC na skrawkach FFPE tkanki płuca z

rakiem NSCLC barwionych przy użyciu testu VENTANA PD-L1

(SP263) Assay;

• udostępnienia przykładowych obrazów trudnych przypadków

w celu przedstawienia sposobu korzystania z algorytmu uPath

PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC do oceny

takich przypadków;

• przedstawienia charakterystyki wyników algorytmu uPath

PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC.

Przeznaczenie produktu

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

jest przeznaczony do wspomagania patomorfologów w detekcji

i pomiarze półilościowym białka PD-L1 w utrwalonych w

formalinie i zatopionych w paraﬁnie skrawkach tkanki płuca z

rakiem NSCLC. W przypadku stosowania algorytmu wraz z testem

VENTANA PD-L1 (SP263) Assay algorytm służy do pomocy w

identyﬁkacji pacjentów z rakiem NSCLC do leczenia za pomocą

terapii stosowanych w przypadku ekspresji białka PD-L1 w ≥50%

komórek TC (punkt odcięcia) zgodnie z zatwierdzoną ChPL.

Uwaga: algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC to uzupełniająca, wspomagana komputerowo metoda

przeznaczona do ułatwiania procesu rejestracji obrazów z

podstawowych szkiełek mikroskopowych, na których znajdują się

próbki tkanek barwione metodą IHC, oraz wykonywania pomiarów

na tych obrazach w celu określenia obecności białka PD-L1.

Patomorfolog jest odpowiedzialny za weryﬁkację zgodności

wyników i stosowanie odpowiednich kontroli zgodnie z opisem

w arkuszu metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay

(nr kat. 741-4905), aby zagwarantować ważność wyników analiz

obrazowych.

Ten algorytm jest przeznaczony do stosowania w diagnostyce

in vitro (IVD).

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 3

Znaczenie kliniczne

Rak płuc od kilku dekad jest najczęściej występującym rakiem na

świecie i pozostaje główną przyczyną zgonów wśród pacjentów

chorujących na raka na całym świecie. Szacuje się, że stanowi

on 12,9% wszystkich nowych przypadków raka i odpowiada

za blisko 1,76 miliona zgonów rocznie na całym świecie lub

około jeden na pięć zgonów wśród pacjentów chorujących na

raka. Niedrobnokomórkowy rak płuc (NSCLC) to najczęściej

występujący rodzaj raka płuc, który stanowi 85% wszystkich

przypadków raka płuc. U większości pacjentów z NSCLC

stwierdzana jest nieoperacyjna, miejscowo zaawansowana

choroba (stadium IIIB) lub choroba przerzutowa (stadium IV) —

obecnie dla żadnej z nich nie ma dostępnych opcji leczenia.

5-letni względny współczynnik przeżycia dla pacjentów z NSCLC

rozpoznanym w zaawansowanym stadium to 4,7%.

Ligand 1 programowanej śmierci (PD-L1) to białko przezbłonowe

ulegające ekspresji w aktywowanych komórkach T, które hamuje

odpowiedź immunologiczną poprzez wiązanie się do swoich

dwóch hamujących receptorów — receptora programowanej

śmierci1 (PD-1) oraz B7-1 (CD80). Wiązanie PD-L1 z PD-1

hamuje namnażanie się limfocytówT, wytwarzanie cytokin oraz

aktywność cytolityczną, co prowadzi do inaktywacji funkcjonalnej

lub wyczerpania limfocytówT. Białko PD-L1 wiąże się również

do receptora CD80 na komórkach prezentujących antygen

i aktywowanych limfocytach T, pośrednicząc w hamowaniu

odpowiedzi immunologicznych, w tym inhibicji aktywacji

komórek T i wytwarzania cytokin. Ekspresja białka PD-L1

jest obserwowana w komórkach układu immunologicznego

i komórkach TC. Zaobserwowano, żenieprawidłowa

ekspresja białka PD-L1 na komórkach TC upośledza

odpowiedź odpornościową skierowaną przeciwko komórkom

nowotworowym, awięc utrudnia możliwość ich eliminacji.

Wykazano, że wdrożenie immunoterapii, które przerywają szlak

PD-L1/PD-1, powoduje poprawę współczynników przeżycia

pacjentów z rozpoznaniem NSCLC. Rokowanie w przypadku

zastosowania leczenia zależy jednak od poziomu ekspresji białka

PD-L1. Z tego względu wymagane jest ilościowe oznaczenie

białka PD-L1 poprzez barwienie immunohistochemiczne.

Metody immunohistochemiczne mogą być stosowane w celu

wykrywania swoistych antygenów obecnych w próbkach

tkanek, stanowiąc skuteczne narzędzie używane przez

patomorfologów do stawiania rozpoznania i określania rokowania

w przypadku raka. Test VENTANA PD-L1 (SP 263) Assay zawiera

królicze przeciwciało monoklonalne przeznaczone do użytku

laboratoryjnego do półilościowej detekcji białka PD-L1 w

skrawkach FFPE prawidłowych i nowotworowych tkanek. Zaletą

preparatów histologicznych jest nienaruszona morfologia tkanek,

ułatwiająca interpretację dodatniego wyniku względem białka

PD-L1 w próbce pacjenta. Wyniki wszelkich testów

histologicznych powinny być interpretowane przez specjalistę

w dziedzinie morfologii i/lub patologii raka NSCLC. Wyniki te

powinny zostać uzupełnione o badania morfologiczne i wykonanie

odpowiednich prób kontrolnych oraz używane w połączeniu z

innymi danymi klinicznymi i laboratoryjnymi.

4 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Zasady testu

Oprogramowanie uPath enterprise software wyposażone w

algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

wykorzystuje techniki analizy obrazowej w celu uzyskania wyniku

określającego odsetek dodatnich komórek TC.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

używa wstępnie zdeﬁniowanych parametrów w celu oceny

obrazów tkanek wybarwionych przy użyciu testu VENTANA PD-L1

(SP263) Assay.

Etapy analizy obrazowej:

• Identyﬁkacja pustej przestrzeni i automatyczne wykluczenie

jej z analizy.

• Detekcja komórek na całym obrazie.

• Zaklasyﬁkowanie komórek do grupy komórek TC lub komórek

innego typu.

• Identyﬁkacja wybarwionych i niewybarwionych komórek TC.

• Obliczenie wyniku określającego odsetek dodatnich komórek

TC poprzez podzielenie liczby wybarwionych komórek TC

przez łączną liczbę komórek TC zgodnie z opisem w arkuszu

metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay.

Sposób identyﬁkacji komórek TC i obliczania wyniku przez

algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC:

• Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów

raka NSCLC identyﬁkuje komórki TC na podstawie

koloru, intensywności wybarwienia, rozmiaru oraz cech

morfologicznych.

• Zidentyﬁkowane komórki TC są klasyﬁkowane jako komórki

wybarwione na podstawie wykrytej błony oraz wstępnie

ustawionych wartości progowych, które są zgodne z arkuszem

metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay.

• W celu obliczenia odsetka wybarwionych komórek TC liczba

wybarwionych komórek TC jest dzielona przez łączną liczbę

komórek TC zgodnie z opisem w arkuszu metody dla testu

VENTANA PD-L1 (SP263) Assay.

Identyﬁkacja pustej przestrzeni przez algorytm uPath PD-L1

(SP263) do analizy obrazów raka NSCLC:

• Algorytm automatycznie wykluczy pustą przestrzeń z analizy.

Artefakty, takie jak zabrudzenia, zarysowania lub plamy tuszu,

mogą nie zostać automatycznie wykluczone.

• Użytkownik może przejrzeć obszary określone przez

algorytm jako puste przestrzenie, używając nakładki kolorów

nierzeczywistych; patrz „Analiza obrazu po kątem białka PD-L1:

nakładka kolorów nierzeczywistych”.

Kryteria generowania wyniku określającego odsetek

dodatnich komórek TC przez algorytm uPath PD-L1 (SP263)

do analizy obrazów raka NSCLC:

• Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC będzie zgłaszał wynik z uwzględnieniem pierwszej

cyfry po przecinku, np. „4,8%”.

• Nie zaleca się zaokrąglania wyniku w górę lub w dół. Na

przykład wyniku „4,8%” nie należy zaokrąglać do 5%.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 5

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

jest zaprojektowany do użytku z testem VENTANA PD-L1 (SP263)

Assay. Jakość wyników testu zależy całkowicie od jakości i

dokładności zobrazowanego preparatu IHC oraz uzyskanego

obrazu, który zostaje poddany analizie.

Zanim obrazy preparatów zostaną przekazane do

oprogramowania uPath enterprise software w celu ich

analizy, patomorfolog musi zweryﬁkować serię barwienia

wykonywaną przy użyciu testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay,

przeprowadzając ręczne badanie mikroskopowe preparatów

kontrolnych PD-L1, aby ustalić, czy uzyskano oczekiwane wyniki.

Należy przestrzegać zaleceń producenta testu VENTANA PD-L1

(SP263) Assay, w tym używać wszystkich dodatnich i ujemnych

materiałów do kontroli jakości w każdej serii barwienia. Jeśli

preparaty kontrolne nie nadają się do przyjęcia na podstawie

ręcznego badania mikroskopowego, próbki tkanek należy

ponownie poddać barwieniu, aby uzyskać akceptowalne wyniki.

Patomorfolog musi przestrzegać zaleceń dotyczących interpretacji

wyniku barwienia przy użyciu testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay.

Patrz arkusz metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay (nr

kat. 1014258PL) oraz podręcznik interpretacji (nr kat. 1015317EN)

(dostępne pod adresem www.ventana.com).

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC jest przeznaczony do użytku przez wykwaliﬁkowanych

patomorfologów w połączeniu z wynikami badania

histologicznego, odpowiednimi informacjami klinicznymi oraz

odpowiednimi kontrolami. Nie należy z niego korzystać jak

z autonomicznego narzędzia. Proces analizy wykonywanej

za pomocą tego algorytmu musi być nadzorowany przez

kompetentną osobę.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

może generować nieprawidłowe wyniki, jeśli na zarejestrowanych

obrazach widoczne jest nietypowe wybarwienie (wybarwienie

jąder, cytoplazmy itd.).

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

odrzuci wydłużone jądra komórek nowotworowych bez względu

na ogólny kształt komórki. Z tego względu zmiany nowotworowe

zawierające dużą liczbę komórek z wydłużonymi jądrami mogą

wymagać oceny ręcznej.

Ograniczenia metody

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

przeszkolono, opracowano i zwalidowano na próbkach tkanek

raka NSCLC.

Nie przetestowano działania algorytmu uPath PD-L1 (SP263)

do analizy obrazów raka NSCLC w przypadku używania go z

komputerem osobistym (PC) z domu ani nie zwalidowano jego

bezpieczeństwa i skuteczności w takiej sytuacji.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów służy do

pomocy w identyﬁkacji pacjentów z rakiem NSCLC do leczenia

za pomocą terapii stosowanych w przypadku ekspresji białka

PD-L1 w przynajmniej 50% komórek TC (punkt odcięcia) zgodnie

z zatwierdzoną ChPL.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

może nieprawidłowo zidentyﬁkować komórki z powodu obecności

słabego wybarwienia cytoplazmatycznego i/lub błonowego,

silnego wybarwienia komórek układu immunologicznego

nakładającego się na wybarwienie komórek nowotworowych

przy znaczącym mieszanym zapaleniu, obecności komórek

TC z cytoplazmatycznym rumieńcem oraz zabarwieniu w

miejscach innych niż docelowe. Może to doprowadzić do błędnej

identyﬁkacji komórek TC jako komórki inne niż TC, a komórek

innych niż TC jako dodatnie komórki TC.

Chociaż konieczne jest wykluczenie makrofagów z regionu

poddawanego analizie, nie zawsze możliwe jest wykluczenie

wszystkich makrofagów. W związku z tym na wynik wygenerowany

przez algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka

NSCLC mogą wpłynąć makrofagi obecne w analizowanym

obszarze ROI. Ma to krytyczne znaczenie, gdy wynik pacjenta jest

bliski punktu odcięcia na poziomie 50%.

Odczyn cytoplazmatyczny zwykle charakteryzuje się

rozproszonym wzorem barwienia, a w niektórych przypadkach

drobnoziarnistym wzorem barwienia. W rzadkich przypadkach

obserwowano okołojądrowe, punktowe wybarwienie o różnej

intensywności. Łączna procentowa intensywność sygnałów

z błony komórek nowotworowych jest szacowana wizualnie i

wykorzystywana do wygenerowania poziomu ekspresji białka

PD-L1. Podczas określania poziomu ekspresji białka PD-L1

nie jest uwzględniany odczyn cytoplazmatyczny komórek

nowotworowych. W celu oceny obecności tła w próbkach

testowych oraz oszacowania wyjściowej intensywności

wybarwienia stosuje się dopasowane do izotypu przeciwciało

służące jako kontrola ujemna.

6 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Bezpieczeństwo danych

Złośliwe oprogramowanie lub nieuprawniony dostęp do aparatu

może doprowadzić do utraty danych lub niedostępności aparatu.

Aby uniknąć zarażenia systemu złośliwym oprogramowaniem lub

uniknąć nieuprawnionego dostępu i niewłaściwego wykorzystania

aparatu, kluczowe jest przestrzeganie następujących zaleceń:

• Nie instalować ani nie uruchamiać żadnego innego

oprogramowania w aparacie.

• Upewnić się, że inne komputery i usługi w sieci są

odpowiednio zabezpieczone i chronione przed złośliwym

oprogramowaniem i nieuprawnionym dostępem. Dotyczy to

na przykład laboratoryjnego systemu informacyjnego (LIS),

udostępniania plików archiwizacji i kopii zapasowej lub usług.

• Klienci są odpowiedzialni za bezpieczeństwo ich sieci

lokalnej, zwłaszcza w sensie jej ochrony przed złośliwym

oprogramowaniem oraz atakami. Ochrona ta może obejmować

podjęcie środków, takich jak zainstalowanie zapory sieciowej,

w celu oddzielenia urządzenia od niekontrolowanych sieci.

Ochrona ta może również obejmować podjęcie środków

umożliwiających upewnienie się, że podłączona sieć jest wolna

od złośliwych kodów.

• Ograniczać dostęp ﬁzyczny do aparatu i całej podłączonej

infrastruktury informatycznej (komputery, kable, wyposażenie

sieciowe itd.).

• Upewnić się, że kopia zapasowa aparatu oraz pliki

archiwizacji są chronione przed nieuprawnionym dostępem

i zabezpieczone na wypadek katastrofy. Obejmuje to zdalne

przechowywanie danych, miejsca odzysku na wypadek

katastrofy i bezpieczny transfer plików kopii zapasowej.

• W razie potrzeby należy zastosować zaporę sieciową, aby

ograniczyć ruch sieciowy.

• Dysków USB można używać do wielu rodzajów tworzenia i

przywracania kopii zapasowych. Korzystanie z dysku USB

w nieprawidłowy sposób może spowodować utratę danych i

usterkę aparatu.

• Należy używać wyłącznie takich dysków USB, które zostały

przetestowane i zainstalowane przez przedstawiciela serwisu

ﬁrmy Roche.

• Można używać tylko jednego dysku USB jednocześnie.

Przed włożeniem dysku USB należy upewnić się, że do

urządzenia nie włożono już innego dysku USB.

• Przed wyjęciem dysku USB należy nacisnąć przycisk Wysuń w

systemie Windows.

• Nie należy zmieniać domyślnej konﬁguracji systemu

operacyjnego (OS) dostarczonej z serwerem, ponieważ ma

to wpływ na utwardzone („hardening”) konﬁguracje systemu

operacyjnego (OS).

• Aby uniknąć zarażenia oprogramowania uPath enterprise

software przez wirusa, dysku USB należy używać wyłącznie

w aparacie. Na dysku USB nie należy przechowywać żadnych

innych danych.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 7

Przebieg pracy z wykorzystaniem algorytmu uPath PD-L1 do analizy obrazów

raka NSCLC

Wymagane materiały

• Oprogramowanie uPath enterprise software

• Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

• Preparaty tkanek raka NSCLC wybarwione przy użyciu testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay (z wykorzystaniem zestawu

OptiView DAB IHC Detection Kit) w aparacie BenchMark ULTRA

• Skaner preparatów VENTANA DP 200

Przebieg pracy

1. Próbka tkanki raka NSCLC znajdująca się na szkiełku podstawowym jest barwiona za pomocą testu VENTANA PD-L1 (SP263)

Assay przy użyciu aparatu BenchMark ULTRA.

2. Rejestracja obrazu (skanowanie całego preparatu) jest wykonywana za pomocą skanera preparatów VENTANA DP 200 przy

powiększeniu 20x w jednej płaszczyźnie Z.

3. Po rejestracji obrazów cyfrowych obrazy te są przesyłane z komputera skojarzonego ze skanerem preparatów VENTANA DP 200 do

systemu zarządzania obrazami (IMS) na scentralizowanym serwerze.

4. Po przesłaniu obrazów na serwer w oprogramowaniu uPath enterprise software zostanie utworzony przypadek. Przypadek może

zostać utworzony automatycznie poprzez komunikację z laboratoryjnym systemem informacyjnym (LIS) przy użyciu informacji

identyﬁkacyjnych (tj. typ tkanki i przeciwciało pierwszorzędowe) zawartych na etykiecie z kodem kreskowym preparatu lub

wprowadzonych ręcznie do oprogramowania uPath enterprise software (patrz dokument Oprogramowanie uPath enterprise

software — podręcznik użytkownika (nr kat. 1018943EN)).

5. Jeśli zainstalowany jest algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC (musi być zainstalowany na innym serwerze

niż oprogramowanie uPath enterprise software i system IMS), a do obrazu zarejestrowanego przy powiększeniu 20x dołączone są

informacje o odpowiednim barwniku i typie tkanki, wówczas oprogramowanie uPath enterprise software automatycznie uruchamia

analizę całego preparatu (Whole Slide Analysis, WSA).

6. W ramach analizy WSA automatycznie analizowany jest cały zeskanowany obraz.

7. Patomorfolog jest powiadamiany przez oprogramowanie uPath enterprise software o ukończeniu analizy WSA poprzez

wyświetlenie komunikatu „analysis is complete” (ukończono analizę). Patomorfolog może teraz wybrać określone obszary ROI,

które będą poddawane ocenie. Patomorfolog może wybrać jeden obszar ROI lub wiele obszarów ROI o dowolnym rozmiarze. Jeśli

wybrano wiele obszarów ROI, generowany jest sumaryczny wynik, a także indywidualny wynik dla każdego obszaru ROI.

Barwienie

• Przygotowanie i barwienie tkanek powinno odbywać się zgodnie z zaleceniami podanymi w arkuszu metody dla testu VENTANA

PD-L1 (SP263) Assay.

• Wszystkie odpowiednie kontrole powinny zostać obejrzane, a preparaty powinny zostać ponownie wybarwione, jeśli barwienie nie

spełnia wytycznych określonych w arkuszu metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay.

• Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC wymaga użycia testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay oraz

wszelkich dodatkowych materiałów lub zasobów wymienionych w arkuszu metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay do

wybarwienia tkanek przed analizą. Test VENTANA PD-L1 (SP263) Assay wykrywa białko PD-L1 w skrawkach FFPE tkanki raka

NSCLC wybarwionych za pomocą zestawu OptiView DAB IHC Detection Kit w aparacie BenchMark ULTRA. Chociaż test VENTANA

PD-L1 (SP263) Assay wykrywa białko PD-L1 w skrawkach FFPE tkanki raka NSCLC wybarwionych w aparatach BenchMark

ULTRA, algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC zwalidowano, korzystając z zestawu OptiView DAB IHC

Detection Kit w aparacie BenchMark ULTRA.

Rejestracja obrazu

Do skanowania preparatów wymagany jest skaner preparatów VENTANA DP 200. Obrazy należy skanować przy powiększeniu 20x. Jeśli

duże obszary obrazu są nieostre, zalecane jest ponowne przeskanowanie preparatów. Dalsze informacje dotyczące skanowania zawiera

dokument Skaner preparatów VENTANA DP 200 — podręcznik użytkownika (nr kat. 1017149PL).

8 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Ogólne informacje dotyczące poruszania się po oprogramowaniu uPath enterprise software

Możliwe jest dostosowanie oprogramowania uPath enterprise software do potrzeb indywidualnych oraz potrzeb ośrodka; istnieje m.in.

możliwość konﬁguracji raportów i dostosowania interfejsu użytkownika. W tym podręczniku do algorytmu skupiono się wyłącznie na

narzędziach niezbędnych do korzystania z algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC. Więcej informacji na temat

oprogramowania uPath enterprise software można znaleźć w dokumencie Oprogramowanie uPath enterprise software — podręcznik

użytkownika.

Przebieg pracy wykonywanej przez patomorfologa

Otwieranie przypadku

Dostęp do obrazów tkanki NSCLC wybarwionej za pomocą testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay można uzyskać, dwukrotnie klikając

przypadek lub wybierając przypadek i naciskając zakładkę przeglądarki w oprogramowaniu uPath enterprise software (Rysunek 1).

Zostanie wyświetlony ekran ze wszystkimi obrazami powiązanymi z przypadkiem (Rysunek 2).

Rysunek 2

Rysunek 1

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 9

Po zeskanowaniu szkiełka podstawowego wybarwionego za pomocą testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay w skanerze preparatów

VENTANA DP 200 przy powiększeniu 20x obraz jest importowany do oprogramowania uPath enterprise software i kojarzony z przypadkiem.

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC automatycznie uruchomi analizę WSA. Czas trwania kroku wykonywania

wstępnych obliczeń w ramach analizy WSA zależy od specyﬁkacji serwera, rozmiarów obrazów i liczby obrazów w kolejce. Komunikat

„waiting to start auto-analysis” (oczekiwanie na rozpoczęcie automatycznej analizy) wskazuje, że obrazy znajdują się w kolejce, ale

jeszcze nie są analizowane, a komunikat „analyzing” (analizowanie) wskazuje, że wykonywana jest analiza WSA (Rysunek 3 i 4). Po

ukończeniu analizy obrazu w ramach analizy WSA w oprogramowaniu uPath enterprise software pod obrazem preparatu w przeglądarce

w oprogramowaniu uPath enterprise software zostanie wyświetlony komunikat „analysis successful” (analiza zakończona powodzeniem)

(Rysunek 5). Przed pomyślnym ukończeniem analizy WSA nie można wygenerować wyników dla obrazów.

Rysowanie obszarów ROI obejmujących całą zmianę nowotworową: zaznaczanie obszaru zmiany nowotworowej

Aby wybrać obszar zmiany nowotworowej do analizy na obrazie preparatu IHC, należy użyć przycisku narzędzia Freehand (Odręcznie),

który znajduje się menu rozwijanym obszaru ROI (Rysunek 6). Na rysunku 7 przedstawiono obraz, na którym narysowano jeden obszar

ROI. Można narysować dodatkowe obszary ROI. Po zaznaczeniu każdego żądanego obszaru obszar ROI zostanie wyświetlony na panelu

Slide Panel (Panel preparatów) (Rysunek 8).

Rysunek 6 Rysunek 7

Rysunek 8

Rysunek 5

Rysunek 4

Rysunek 3

10 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Rysowanie obszarów ROI obejmujących całą zmianę nowotworową: wykluczony obszar

Podczas rysowania obszarów ROI może być wymagane wykluczenie niektórych obszarów; obszary, których należy unikać lub które

należy pominąć podczas rysowania obszarów ROI, zostaną omówione, wraz z przykładami, w znajdującej się dalej części dotyczącej

charakterystyki barwienia. Aby wykluczyć określone obszary (Rysunek 10), należy użyć narzędzia wykluczenia Freehand (Odręcznie),

które znajduje się menu rozwijanym Exclusion (Wykluczanie) (Rysunek 9). Jeśli duże obszary obrazu są rozmyte lub nieostre, należy

ponownie przeskanować preparat.

Wykluczone obszary nie będą analizowane przez algorytm, a wybarwione i niewybarwione komórki TC w tym obszarze zostaną

wykluczone z całkowitego obszaru poddawanego analizie. Jeśli wykluczenie zastosowano w obszarze ROI, który został już

przeanalizowany, należy ponownie wykonać analizę obszaru ROI, aby odpowiednio zaktualizować nakładkę i wynik.

Narysowanie dużej liczby obszarów do wykluczenia — zwłaszcza jeśli są to skomplikowane obszary obrysowywane przy użyciu

narzędzia Freehand (Odręcznie) — może zająć dużo czasu i obniżyć wydajność przebiegu pracy, a tylko w minimalnym stopniu wpłynąć

na końcowy wynik. Jeśli wymagane jest narysowanie dużej liczby obszarów do wykluczenia dla przypadku, patomorfolog powinien

wykonać następujące czynności:

• Narysować wiele obszarów ROI i wykluczyć fragmenty tkanki, które w mniemaniu patomorfologa nie nadają się do oceny,

maksymalnie ograniczając korzystanie z narzędzia Exclusion (Wykluczanie).

• Ograniczyć liczbę obszarów do wykluczenia i ręcznie zastąpić wynik innym wynikiem.

Rysowanie obszarów ROI obejmujących całą zmianę nowotworową: usuwanie

Jeśli wybrany obszar ROI całej zmiany nowotworowej nie jest optymalny, można go usunąć. Wybrać obszar ROI całej zmiany nowotworowej,

klikając środek obszaru ROI na obrazie, a następnie klikając przycisk Delete (Usuń) na panelu Slide Panel (Panel preparatów) (Rysunek

11) lub na obrazie preparatu w pobliżu obszaru ROI (Rysunek 12). Zostanie wyświetlone okno z monitem o potwierdzenie. Wybrać opcję

Conﬁrm (Potwierdź), aby usunąć wybrany obszar ROI. Wybrać opcję Cancel (Anuluj), aby zachować obszar ROI.

Rysunek 10Rysunek 9

Rysunek 11 Rysunek 12

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 11

Po narysowaniu wszystkich obszarów ROI całej zmiany nowotworowej i/lub obszarów wykluczenia obraz jest gotowy do analizy. Wybrać

obszar ROI całej zmiany nowotworowej, klikając środek obszaru ROI, który ma zostać przeanalizowany, lub klikając obszar ROI na panelu

Slide Panel (Panel preparatów). Dla każdego obszaru ROI wybrać przycisk Image Analysis (Analiza obrazu) na panelu Slide Panel (Panel

preparatów) (Rysunek 13) lub obok obszaru ROI (Rysunek 14).

Po ukończeniu analizy pod kątem białka PD-L1 wynik zostanie wyświetlony w dwóch miejscach na panelu Slide Panel (Panel preparatów):

pod obszarem Slide Score (Wynik preparatu) oraz obok obszarów ROI (Rysunek 15). Wynik preparatu jest oparty na podsumowaniu

wyników określających odsetek dodatnich komórek nowotworowych uzyskanych we wszystkich wybranych obszarach ROI; wynik ten

pojawi się w raporcie.

Analiza obrazu pod kątem białka PD-L1

Rysunek 15

Można także wyświetlić bardziej szczegółowe informacje na liście rozwijanej Slide Score (Wynik preparatu) oraz liście rozwijanej ROI

Details (Szczegóły obszaru ROI), klikając ikonę listy rozwijanej (Rysunek 16). Zostanie wyświetlona lista rozwijana Slide Score (Wynik

preparatu) (Rysunek 17). Kliknięcie tej samej ikony listy rozwijanej spowoduje zwinięcie tych informacji.

Rysunek 17

Rysunek 16

Rysunek 13 Rysunek 14

12 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Analiza obrazu pod kątem białka PD-L1: nakładka kolorów nierzeczywistych

Na obszarze ROI zostanie wyświetlona kolorowa nakładka po naciśnięciu przycisku ROI(s) Analysis (Analiza obszarów ROI) i

przeanalizowaniu tkanki. Czerwone okręgi na poniższym obrazie (Rysunek 18) oznaczają komórki określone jako wybarwione dodatnio

względem białka PD-L1, a niebieskie okręgi oznaczają komórki określone jako ujemnie względem białka PD-L1. Podczas chwytania

obrazu (naciśnięcie lewego przycisku myszy i przesunięcie obrazu) nakładka zniknie (Rysunek 19). Po zwolnieniu przycisku myszy

nakładka pojawi się ponownie (Rysunek 18).

Rysunek 18

Rysunek 19

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 13

Ręczne zastąpienie wyniku preparatu

Wyniki można zastąpić ręcznie, klikając ikonę listy rozwijanej Slide Score (Wynik preparatu) na panelu Slide Panel (Panel preparatów) obok

obszaru Slide Score (Wynik preparatu) (Rysunek 16). Zostanie wyświetlona lista rozwijana Slide Score (Wynik preparatu) (Rysunek 20).

Wybranie przycisku Edit (Edytuj) (Rysunek 20) na liście rozwijanej Slide Score (Wynik preparatu) umożliwia użytkownikowi ręczne wpisanie

wyniku (Rysunek 21). Pole Comments (Komentarze) zawiera uwagi dotyczące przypadku i/lub informację o zastąpieniu wygenerowanego

automatycznie wyniku. W przypadku białka PD-L1 można ręcznie wprowadzić wyniki z zakresu 0–100%. Po ręcznym wprowadzeniu wyniku

należy wybrać opcję Conﬁrm (Potwierdź) (Rysunek 22). Zostanie wyświetlony komunikat z monitem o potwierdzenie; należy wybrać opcję

„Yes” (Tak).

Wynik wyświetlony na panelu Slide Panel (Panel preparatów) będzie teraz odzwierciedlał wprowadzony ręcznie wynik. Wynik analizy

obrazu wyświetlany obok obszaru ROI nie będzie już widoczny (Rysunek 23). Użytkownik będzie mógł ponownie przeanalizować obraz,

naciskając przycisk wykresu słupkowego (Rysunek 13, Rysunek 14).

Rysunek 21 Rysunek 22

Rysunek 20

Rysunek 23

14 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Należy zapoznać się z arkuszem metody dla testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay i podręcznikiem interpretacji.

Ocena pod kątem białka PD-L1

Komórki nowotworowe NSCLC wyznakowane za pomocą testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay są oceniane pod kątem odsetka

dodatnich komórek TC z barwieniem błonowym o dowolnej intensywności. Barwienie immunohistochemiczne preparatów raka NSCLC

powoduje wybarwienie błon komórkowych i/lub cytoplazmy i może być homogeniczne lub heterogeniczne w obrębie całej zmiany

nowotworowej. W wyniku określającym odsetek dodatnich komórek TC nie jest uwzględniany odczyn cytoplazmatyczny komórek

nowotworowych. Wzór wybarwienia błony może mieć postać nieciągłą, obwodową lub podstawno-boczną. W celu oceny obecności tła

w próbkach testowych stosuje się dopasowane do izotypu przeciwciało służące jako kontrola ujemna.

Ocena wybarwienia za pomocą algorytmu PD-L1

Patomorfolog korzystający z algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC powinien być zaznajomiony z metodą

ręcznej oceny wyników testu VENTANA PD-L1 (SP263) Assay. Patomorfolog powinien użyć narzędzia Freehand (Odręcznie) do

obrysowania całego obszaru zmiany nowotworowej. Przed użyciem algorytmu uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów raka NSCLC

patomorfolog powinien odnieść się do powiązanych preparatów barwionych metodą H&E oraz do ujemnych preparatów kontrolnych.

Wybierając obszary do analizy, należy wziąć pod uwagę ograniczenia metody opisane w częściach „Ograniczenia metody” i „Obszary,

których należy unikać”. Jeśli patomorfolog nie zgadza się z wynikiem podanym przez algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów

raka NSCLC, powinien ręcznie zastąpić wynik.

Przypadki, których nie należy poddawać ocenie, to m. in. przypadki z niewystarczającą liczbą żywotnych komórek nowotworowych,

niedopuszczalną morfologią i tłem wprowadzającym zakłócenia. Przypadki raka NSCLC z wystarczającą liczbą żywotnych komórek TC

(według oceny patomorfologa) i bez tła wprowadzającego zakłócenia na preparatach IHC PD-L1 są dopuszczalne do oceny.

Charakterystyka barwienia

Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu 15

Rysunek 24: Zeskanowane obrazy tkanki NSCLC wybarwionej metodą IHC w oprogramowaniu uPath enterprise software;

przed analizą (wyżej) i po analizie (niżej). Czerwona nakładka przedstawia komórki TC określone jako wybarwione dodatnio,

a niebieska nakładka przedstawia komórki TC określone jako wybarwione ujemnie.

Na kolejnych rysunkach (24–25) przedstawiono obrazy różnych wzorów barwienia i poziomów ekspresji białka PD-L1. Ekspresja białka

PD-L1 w komórkach TC jest zgłaszana jako wartość procentowa (0–100).

16 Algorytm uPath PD-L1 (SP263) do analizy obrazów niedrobnokomórkowego raka płuc (NSCLC) — podręcznik do algorytmu

Strona jest ładowana ...

Roche uPath PD-L1 image analysis for NSCLC IVD Algorithm Instrukcja obsługi

Marka: Roche

Model: uPath PD-L1 image analysis for NSCLC IVD Algorithm

Typ: Instrukcja obsługi

ściągnij PDF

raport

Powiązane dokumenty

Inne dokumenty

Hologic ThinPrep Genesis Processor Instrukcja obsługi